დაიბადა 1949 წ. 20 აგვისტოს, ტყიბულში. 1966 წ. დაამთავრა საშუალო სკოლა, 1974 წ. საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის ავტომატიკა-კავშირგაბმულობის ფაკულტეტი. მცხეთის სასულიერო სემინარიაში სწავლის პერიოდში ბერად აღიკვეცა და ეწოდა ანანია, 1979წ. 4 აპრილს ხელდასხმულ იქნა დიაკვნად, ხოლო იმავე წლის 27 სექტემბერს საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II მიერ ხელდასხმულ იქნა მღვდლად. 1979წ. დაინიშნა თბილისის წმიდა სამების ძველი ტაძრის წინამძღვრად. 1980 წლის ივნისში მღვდელ-მონაზონი ანანია დაინიშნა ალავერდის მონასტრის წინამძღვრად. 1980 წ. 27 სექტემბერს მიენიჭა იღუმენის წოდება, ხოლო 1981 წ. 8 მარტს არქიმანდრიტის წოდება.

1981 წ. დასაწყისში წმიდა სინოდის მიერ არქიმანდრიტი ანანია გამორჩეულ იქნა საეპისკოპოსო კანდიდატად, 1981 წ. 15 მარტს უწმიდესმა პატრიარქმა სვეტიცხოვლის ტაძარში აკურთხა ეპისკოპოსად და დაადგინა ნიკორწმიდის ეპარქიის მმართველად.

უწმიდესმა და უნეტარესმა კათალიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ აღსაყდრებისთანავე ერთ-ერთ განსახორციელებელ გეგმად დაისახა ისტორიულ მესხეთში ქრისტიანობისა და ქართული სულიერების აღორძინება. დაარსებული იქნა ახალციხისა და სამცხე-ჯავახეთის ეპარქია, რომლის მმართველად 1981 წლის 29 აპრილს დადგენილი იქნა ეპისკოპოსი ანანია ჯაფარიძე. ის ამასთანავე, მისმა უწმიდესობამ დანიშნა საქართველოს საპატრიაქოს სამეურნეო-საფინანსო განყოფილების გამგედ. იმჟამად, სამცხე-ჯავახეთის ეპარქიაში მოქმედებდა ერთადერთი ეკლესია წმიდა მარინეს სახელობისა (ახალციხის რაბათში), მესხეთის დანარჩენი ეკლესია-მონასტრები ათეისტური რეჟიმის გამო გაუქმებულნი ღვთისმსახურების გარეშე იყვნენ მიტოვებულნი. უფლის შემწეობით მეუფე ანანიამ 70-წლიანი უქმობის შემდეგ აკურთხა და აამოქმედა საფარას, ვარძიის, ზარზმას, უდეს, ვალეს, ხვილიშას, აბასთუმნისა და სხვა ეკლესიები. მისი უწმიდესობის კურთხევით ამოქმედდა მონასტრებიც.

ეპისკოპოსმა ანანიამ 1990 წელს დააარსა ახალციხის სასულიერო სასწავლებელი (სემინარია), რომელიც ამავე დროს იყო საღვთისმეტყველო ინსტიტუტი. მის კურსდამთავრებულებს დიპლომი უფლებას ანიჭებდა ეღვაწათ საშუალო სკოლებში საღვთო სჯულის მასწავლებლად.

მისმა უწმიდესობამ 80-იან წლებში რამდენჯერმე მოილოცა სამცხე-ჯავახეთის ეპარქია და გააფართოვა მისი საზღვრები. კერძოდ, ეპარქიის გამგებლობას დაემატა ბორჯომის რაიონიც, სადაც მეუფე ანანიამ აკურთხა ქ. ბორჯომის, ახალდაბის, სადგერის, კიმოთესუბნის და სხვა ეკლესიები, აკურთხა სამცხე-ჯავახეთის ეპარქიის ღვთისმსახურები, მრავალ ეკლესიასა და მონასტერში აღევლინა პირველი წირვა.

1992 წლის 25 დეკემბერს, მეუფე ანანიას მიენიჭა მთავარეპისკოპოსის წოდება და დანიშნულ იქნა მანგლისის ეპარქიის მმართველად, რომელიც იმჟამად მხოლოდ თეთრიწყაროს რაიონს მოიცავდა. მალევე მისმა უწმიდესობამ გააფართოვა ეპარქია და მას დაუმატა წალკის რაიონი. 1995 წლის 17 ივნისს ჩამოყალიბდა მანგლისისა და წალკის ეპარქია, რომლის მმართველადაც დაინიშნა მეუფე ანანია. 2001 წლის 15 ნოემბერს მთავარეპიკოსპოსი ანანია აღვლენილ იქნა მიტროპოლიტის ხარისხში.

2001 წლის 19 ოქტომბერს, მეუფე ანანიამ შეძლო საქართველოს ერთ-ერთ უდიდეს უმაღლეს სასწავლებელში, საქართველოს ტექნიკურ უნივერსიტეტში თეოლოგიის კათედრის დაარსება. ამ მოვლენასთან დაკავშირებით გაიმართა უნივერსიტეტის დიდი საბჭოს სხდომა, რომელსაც დაესწრო მისი უწმიდესობა, სრულიად საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქი ილია II, რომელმაც თავის გამოსვლაში ბრძანა: “მე გილოცავთ ამ ბედნიერ დღეს და მოგახსენებთ, რომ კათედრის გამგედ არჩეულია მთავარეპისკოპოსი მეუფე ანანია, რომელიც წმიდა სინოდში თავისი ერუდიციითა და ღრმა აზროვნებით გამოირჩევა და მინდა ვთქვა, რომ ეს ძალიან კარგი არჩევანია. ეს არის თქვენი დიდი დამსახურება”.

თეოლოგიის კათედრას თეოლოგიის სასწავლო სამეცნიერო ცენტრი ეწოდა, რომელსაც ხელმძღვანელობს მიტროპოლიტი ანანია სრული პროფესორის წოდებით.

1992-1993 წლებში სამოქალაქო დაპირისპირებისა და აფხაზეთში ქართველთა ეთნიკური წმენდის შემდეგ საზოგადოება ერთგვარად ნიჰილისტურად განეწყო ეროვნულ ფასეულობათა მიმართ, ამ ფონზე მეუფე ანანიას დაევალა ლექციების წაკითხვა თბილისის სასულიერო აკადემიის სტუდენტებისათვის ეროვნულ-საეკლესიო სულისკვეთების ამაღლების მიზნით. 2002 წლის 5 ივნისს სასულიერო აკადემიის დიპლომანტებთან და პროფესორ მასწავლებლებთან შეხვედრისას უწმიდესმა პატრიარქმა ილია II-მ განაცხადა – მეუფე ანანიამ ყველას მოგვცა კარგი მაგალითი თავისი ნაშრომებით~. 2007 წელს უწმიდესმა პატრიარქმა თავის ქადაგებაში ბრძანა: “მეუფე ანანიას მრავალი წყარო აქვს მითითებული საიდან ვართ, ვინ ვართ და ბოლოს და ბოლოს სად მივდივართ. ამ საკითხთან დაკავშირებით გუშინ შეხვედრა გვქონდა მეცნიერებთან” (უწმიდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქის ილია II ქადაგებანი თბილისის სასულიერო აკადემიაში, 2007, გვ. 22).

მეუფე ანანიას მღვდელმთავრობისას მანგლისისა და წალკის ეპარქიაში 1993 წლიდან ამოქმედდა და აშენდა მრავალი ეკლესია და მონასტერი. მათ შორის ასურეთის, თეთრიწყაროს, ალგეთის, ენაგეთის, წყლულეთის, კოდის, მარაბდის, წინწყაროს, ფარცხისის, ჭივჭავის, ირაგას, ბეშთაშენის, ჯინისის, ბარეთის და სხვა ეკლესიები. ამოქმედდა მონასტრები: გუდარეხი, ბედიანი, ფიტარეთი, ბერთა, სამება (გუნიაკალა) და სხვა. წალკის რაიონში რამდენიმე დიდი მონასტრის ამოქმედებამ, იქამდე გაუქმებული ეკლესიებისა და ახალი სამღვდელო პირების კურთხევამ მყარი საფუძველი შექმნა იმისათვის, რათა აღდგენილიყო XVII-XX საუკუნეებში გაუქმებული, წინა საუკუნეებში ისტორიულად არსებული წალკის ეპარქია, მეუფე ანანიამ დალოცა წალკის მოწესეები და სასულიერო პირები, რათა ერთგულად დამორჩილებოდნენ წალკელ ეპისკოპოსს. წმიდა სინოდმა 2013 წელს მეუფე ანანიას სამღვდელმოძღვრო ეპარქიას უწოდა `მანგლისისა და თეთრიწყაროს ეპარქია~.

2005 წელს მიტროპოლიტი ანანია გახდა რუსეთის საბუნებისმეტყველო მეცნიერებათა აკადემიის უცხოელი წევრი.

2007 წლის 25 დეკემბერს, მისმა უწმიდესობამ მიტროპოლიტი ანანია (ჯაფარიძე) “ქართველი ერისა და საქართველოს სამოციქულო მართლმადიდებელი ეკლესიის წინაშე გაწეული ღვაწლისათვის” დააჯილდოვა საქართველოს ეკლესიის უმაღლესი ჯილდოთი წმ. გიორგის ოქროს ორდენით.

მეუფე ანანია დაჯილდოვებულია ალექსანდრიის საპატრიარქოს წმიდა მარკოზის ორდენით, აგრეთვე ეკლესიის ჯილდოებით.

2009 წლის 18 აგვისტოს მიტროპოლიტი ანანია დაჯილდოვდა საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის გიორგი ნიკოლაძის მედლით.

2013 წლის ივლისში საქართველოს პრეზიდენტის მიერ დაჯილდოვდა ღირსების ორდენით.

2013 წლის 14 ივნისს ტექნიკურ უნივერსიტეტში თეოლოგიის კათედრის დაარსების მე-12 წლისთავთან დაკავშირებით, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ შეკრებილების წინაშე მადლობა გადაუხადა ცენტრის ხელმძღვანელს მიტროპოლიტ ანანია ჯაფარიძეს, ცენტრის შექმნისა და გაწეული ღვაწლის გამო (“საქართველოს რესპუბლიკა”, 2013, 15. VI).

მეუფე ანანიამ დაწერა და გამოსცა მრავალი წიგნი, გამოკვლევა და პუბლიცისტური წერილები.

1996-2012 წლებში სამჯერ გამოიცა მეუფე ანანიას ოთხტომეული “საქართველოს სამოციქულო ეკლესიის ისტორია” გამომცემლობების “მერანის”, “ალილოსა” და “გუმბათის” მიერ.